В 1954 году была открыта больница при Всероссийской сельскохозяйственной выставке (больница ВСХВ), позже переименованная в больницу ВДНХ.
В 1991 году в соответствии с приказом Министерства здравоохранения Российской Федерации от 11.04.1991 года № 59 на базе больницы ВДНХ был организован Научно-исследовательский институт клинической и экспериментальной иммунологии (НИИКЭИ).
С 1995 года на базе НИИКЭИ функционирует кафедра Трансфузиологии Факультета усовершенствования врачей Российского государственного медицинского университета (РГМУ). С 1994 года Правительственная комиссия постановила переименовать НИИКЭИ в Российский НИИ клинической и экспериментальной иммунологии.
В соответствии с приказом Министерства здравоохранения Российской Федерации от 20.02.1997 года №55 РНИИКЭИ реорганизован в Научно-исследовательский институт геронтологии. В 2010 году в соответствии с Постановлением Правительства Российской Федерации НИИ геронтологии реорганизован в Филиал ГОУ ВПО Российского государственного медицинского университета Росздрава «Научно-клинический центр геронтологии».
С 2010 г. Филиал ГОУ ВПО Российского государственного медицинского университета Росздрава «Научно-клинический центр геронтологии» является клинической базой кафедры акушерства и гинекологии лечебного факультета (зав. – проф. О.В. Макаров), кафедры анестезиологии и реаниматологии лечебного факультета (зав. – проф. С.В. Свиридов), кафедры неврологии и нейрохирургии лечебного факультета (зав. – академик Е.И. Гусев), кафедры терапии Московского факультета (зав. – проф. Г.П. Арутюнов), кафедры реабилитологии и физиотерапии факультета усовершенствования врачей (зав. – проф. Е.Ю. Сергеенко).
В 2011 г. в связи с изменением статуса головного учреждения филиал переименован в Филиал ГБОУ ВПО Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И.Пирогова Минздрава России «Научно-клинический центр геронтологии».
В настоящее время в соответствии с приказом Минздрава России от 11.10.2013 №732 название Центра:
Обособленное структурное подразделение ГБОУ ВПО Российский национальный исследовательский университет им. Н.И. Пирогова "Российский геронтологический научно-клинический центр".
На базе клиники функционируют ведущие кафедры РНИМУ им. Н.И. Пирогова со своим мощным научно-клиническим потенциалом, со своими школами – кафедры неврологии и нейрохирургии (зав. – академик Е.И. Гусев), хирургии (зав. – проф. А.В.Сажин), факультетской терапии (зав. – проф. Н.А. Шостак), эндокринологии и диабетологии (зав. – проф. И.Ю. Демидова) кафедра акушерства и гинекологии (зав. – проф. О.В.Макаров), кафедра урологии (и.о. зав. – проф. А.К. Чепуров), кафедра травматологии, ортопедии и ВПХ (зав. – А.В. Скороглядов), кафедра анестезиологии и реаниматологии (зав. – проф. С.В. Свиридов), кафедра геронтологии и гериатрии (зав. – акад. В.Н. Шабалин).